Гель электрофорез нь эерэг ба сөрөг цэнэгийг ашиглан цэнэглэгдсэн хэсгүүдийг салгадаг. Бөөм нь эерэг, сөрөг эсвэл төвийг сахисан байж болно. Цэнэглэгдсэн бөөмсүүд эсрэг цэнэгүүдэд татагддаг: Эерэг цэнэгтэй бөөмсүүд сөрөг цэнэгүүдэд, сөрөг цэнэгтэй хэсгүүд эерэг цэнэгүүдэд татагддаг. Эсрэг цэнэгүүд татагддаг тул бид электрофорезийн систем ашиглан бөөмсийг салгаж чадна. Хэдийгээр электрофорезийн систем нь маш нарийн төвөгтэй мэт санагдаж болох ч үнэндээ маш энгийн. Зарим систем нь арай өөр байж болно; гэхдээ тэдгээр нь бүгд эдгээр хоёр үндсэн бүрэлдэхүүн хэсэгтэй: Цахилгаан хангамж ба Электрофорезийн танхим. Бид электрофорезийн тэжээлийн хангамж болон электрофорезийн камер/танкыг санал болгож байна. Бид таны сонгосон электрофорезийн өөр өөр загвартай. Босоо электрофорез ба хэвтээ электрофорезыг хоёуланг нь санал болгож байна, өөр өөр хэмжээтэй гель таны туршилтын шаардлагаар хийж болно.